Le Dojo veut littéralement dire « Voie » et « Lieu ». C'est donc le lieu où l'on étudie la Voie.

Son organisation répond  traditionnellement à un certain nombre de constantes (plus ou moins adaptées en occident lorsqu’il s’agit de salles de spo polyvalentes), qui ordonnent jusqu’à certains aspects de la disposition des pratiquants sur le tatami.

Le tatami est une zone carrée ou rectangulaire placée au milieu de la salle principale. Il est formé d’un support de planches en bois ou en béton, sur lequel sont installées des nattes mesurant environ 90 cm x 1,80 m pour un poids d'environ 30 kg et une épaisseur de 7 cm. Au Japon, ces nattes sont traditionnellement fabriqués avec des couches de paille de riz superposées et entrecroisées puis compressées constituant le matelas, et recouvert d'une paille tissée de grande qualité. En occident leur coeur est constitué de mousses synthétiques et leur revêtement est soit en tissu ou plastifié. Dans tous les cas, elles sont constituées de façon à offrir une bonne élasticité pour les chutes ainsi qu’une certaine tonicité pour les déplacements rapides de l’aïkibudo.

Le mur du Nord est le kamiza ou « mur haut ». Le kamiza est aussi appelé le mur d'honneur car il contient souvent les portraits des fondateurs des disciplines martiales enseignées dans le dojo, voir ceux de professeurs du club décédés. Lorsque le Dojo est vaste, ces portraits et divers ornements (calligraphies, sabres, fleurs) peuvent se trouver dans un autel (shinden). Il est même possible que

le shinden soit sur un tokonoma, c'est-à-dire dans un espace surélevé, qui délimite la zone de pratique du tatami de l'espace sacré.

Sur ce tokonoma on peut trouver éventuellement le shihandaï (siège du Shihan) et les raihinseki (sièges des invités d'honneur). Mais ces sièges sont assez rares en dehors du Japon.

Le senseï s'assoit dos au kamiza, face au mur Sud, le shimoza dans lequel se trouve normalement l’entrée du dojo. Lors du salut ou lorsque le professeur montre une technique, les élèves se disposent tous de ce côté. Cette position répond à la fois à un aspect pratique et à une signification symbolique.

Pour l'aspect pratique, il s'agit de pouvoir faire face à tous ses élèves d’un coup, parmi lesquels peuvent se trouver des inconnus, notamment en début d'année. Il est donc bon d'être prêt à tout.

La signification symbolique indique que l'enseignant, assis face au Sud, reçoit en plein la lumière du soleil, qui représente la connaissance qu'il va transmettre à ses élèves. Les élèves, eux, ne peuvent voir cette lumière qu'au travers de la réflexion qu'en offre l'enseignant, qui se doit donc d'être le miroir le plus fidèle possible.

Les débutants s'assoient vers le mur Ouest, le shimoseki, tandis que les pratiquants plus anciens se placent vers le mur Est, le joseki, la direction où le soleil se lève : de par leur ancienneté, ils commencent à comprendre les principes essentiels de leur discipline, alors que les débutants sont encore dans l'ombre.Ceci explique pourquoi les élèves se disposent de gauche à droite par

ordre de grades et d'ancienneté.

Cette disposition permet aussi d'avoir les débutants à droite du senseï, soit du côté du bras qui est chargé de dégainer le sabre. Cette précaution n'était pas superflue à une certaine époque du Japon ou des ennemis pouvaient se mêler aux débutants.

De même, du côté du joseki on peut trouver les assistants du senseï ou les professeurs amis invités à pratiquer pendant la séance.

En revanche on installait traditionnellement les spectateurs invités que l'on ne connaissait pas dans l’allée le long du shimoseki. Là encore, la raison vient d'une époque où les écoles rivales envoyaient des espions pour étudier les techniques d'un Dojo (toutes les techniques étant alors réputées secrètes). Ainsi assis loin des élèves les plus avancés, ils ne pouvaient pas voir la technique dans le

détail. C'est aussi la raison pour laquelle les katas faits par le senseï lorsqu'il y a des invités se font du côté Est et non au centre.

Un dojo contient enfin des pièces annexes : les vestiaires et les douches. Ils doivent être bien tenus. Pour cela n’y laisser que des affaires correctement rangées durant l’entrainement (en aucun cas des objets de valeur). Ne rien y laisser entre deux cours sauf en présence d’armoires spécifiquement dédiées à cet effet. Afin d’éviter les risques de glissades pensez à vous sécher complètement avant de sortir des douches.Comme durant l’entrainement le chahut, source d’accidents stupides, est déconseillé dans les vestiaires.

Dans les vestiaires et sur le trajet entre ceux-ci et la salle d’entrainement le port de sandales dédiées à cet effet est obligatoire.